O Centro Regional de Pesquisas Educacionais de Pernambuco foi criado pelo Decreto nº 38.460, de 28 de dezembro de 1955, subordinado ao até então Instituto Nacional de Estudos Pedagógicos (INEP).
Com sede provisória no Instituto Joaquim Nabuco de Pesquisas Sociais, o CRPE/PE foi inaugurado oficialmente em 1957, tendo o sociólogo e antropólogo Gilberto Freyre como o primeiro Diretor do novo Centro a ser nomeado, com a presença do Professor Anísio Teixeira Diretor do INEP em uma sessão inaugural.
De acordo com estatuto legal, os objetivos dos Centros de Pesquisas são: pesquisa das condições culturais e escolares e das tendências de desenvolvimento de cada região e da sociedade brasileira como um todo; treinamento e aperfeiçoamento de professores de escolas primárias, secundárias e normais e orientadores educacionais.
Em 23 de maio de 1975, através do Decreto nº 75.754, o Presidente Ernesto Geisel extingue os Centros Regionais de Pesquisas Educacionais do Nordeste, do Sudeste e do Sul.