O acervo documental do Arquivo Histórico do Inep inicialmente é organizado por séries documentais dispostas dentro da Seção de Fundo Histórico. Tal classificação é derivada de um quadro de arranjo proposto nos anos 1980 pela arquivista Astrea Moraes e Castro como parte do processo de reorganização dos Arquivos do Ministério da Educação - MEC em Brasília. A proposta da arquivista sofreu adaptações até chegar no modelo atual o qual obedece a uma sistemática que envolve ordenação por setor de origem, tipologia documental e assunto.

O acervo possui data-limite inicial do período de 1937, quando houve a criação oficial do instituto por meio da Lei nº 378 de 13 de janeiro de 1937, até 1997, ano em que o Inep tornou-se oficialmente autarquia federal por meio da Lei nº 9.448/97. Atualmente é coordenado pela Coordenação de Disseminação de Informação - CGDI. As séries compõem-se majoritariamente por documentos textuais, iconográficos e cartográficos.

Desde sua concepção o Inep tem sido o orientador nas ações relativas à Educação Brasileira, função que intrinsecamente se reflete no arquivo, que abriga um conteúdo documental complexo e é fonte importante para pesquisadores de todo o país. Disseminar os documentos do acervo histórico descritos no AtoM faz parte de um objetivo institucional de difusão de sua produção à sociedade. Esta iniciativa afirma o seu compromisso de ser para a comunidade em geral o observatório da educação brasileira em âmbito nacional e internacional.